Isabelle Clara Eugénia est la petite-fille du roi Henri II, fils de François Ier et Claude de France. Cette dernière est la fille d’Anne de Bretagne. Elle est donc arrière arrière-petite-fille d’Anne de Bretagne. Dit autrement encore : à la mort d’Henri III en 1589, sa nièce Isabelle est la plus proche héritière des
droits des ducs de Bretagne. Elle descend d’Anne de Bretagne par Claude de France, Henri II et Élisabeth de Valois (qui est sa mère, et la fille aînée d’Henri II).
Les prétentions du duc de Mercœur au duché de Bretagne par les droits de son épouse, Marie de Luxembourg, héritière de la maison de Penthièvre,
ne sont pas si affirmées. La conduite politique de Mercœur laisse plutôt apparaître la volonté de conserver la charge de gouverneur et d’obtenir
que son fils, s’il lui en vient un, en hérite. C’est la demande qu’il fait à Philippe II et qu’il fera ensuite en tentant de négocier avec Henri IV.
Mais, avant cela, à la mort d’Henri III le 2 août 1589, Philippe II s’informe. Alors que Mercœur lui adresse le capitaine Lobier pour lui demander de l’aide, le roi d’Espagne « charge aussitôt D. Diego Maldonado de se rendre en Bretagne pour apprécier l’état d’esprit de cette province », indique l’historien Hervé Le Goff dans La Ligue en Bretagne, Guerre civile et conflit international (1588-1598).